Jie atstovauja dviejų ar daugiau aminorūgščių susijungimui, jungiantis originalą ir peptidus. Produktuose ir baltymuose šios jungtys yra susijusios su peptidiniais ryšiais ir karboksilo grupės reakcijos su kitos amino grupe rezultatu, pašalinant vandens molekulę.
Peptidas jungtis (-CO-NH-) yra paprastai atstovauja kaip viengubos jungties. Tačiau be to, jis turi keletą savybių, kurios prilygsta dvigubam ryšiui. Kadangi azotas yra mažiau neigiamas nei deguonis, CO jungtis turi 60% dvigubo ryšio, o CN jungtis yra 40%. Todėl peptidinio ryšio CO ir NC jungtys turi tarpines charakteristikas tarp viengubo ir dvigubo ryšių. Tiesą sakant, tarpatominiai atstumai, išmatuoti CO ir CN jungtimis, yra tarpininkai tarp viengubų jungčių ir dvigubo ryšio. Šį atominį išsidėstymą stabilizuoja rezonansas, taigi šeši atomai, dalyvaujantys peptidinio ryšio formavime, yra toje pačioje plokštumoje.
Kita svarbi rezonanso pasekmė yra ta, kad padidėja peptidinio ryšio poliškumas ir nustatomas dipolio momentas (dešinė figūra aukščiau pateiktoje lentelėje). Dėl šios priežasties kiekvienas peptidinis ryšys gali dalyvauti dviejuose vandenilio ryšiuose. Viename iš jų -NH- grupė veikia kaip vandenilio donoras, o kitoje -CO- grupė veikia kaip vandenilio receptorius. Ši savybė labai prisideda prie trimatės baltymų sulankstymo, kaip pamatysime vėliau.
Dalinis pobūdis iš dvigubos jungties apsaugo laisvą sukimąsi obligacijos, kuris jungia C ir N atomus peptidinę jungtį. Šis dvigubos jungties standumas riboja peptidų konformacines galimybes. Yra dvi galimos konfigūracijos:
- Cis konfigūracija: du Ca yra toje pačioje dvigubos jungties pusėje.
- Trans konfigūracija: du Ca yra skirtingoje dvigubos jungties pusėje.
Reikėtų pažymėti, kad paprastai peptidinis ryšys yra pavaizduotas kaip vienintelis ryšys. Bet kokiu atveju jis turi keletą savybių, dėl kurių jis yra artimas dvigubam ryšiui. Štai kodėl specialistai paprastai mini, kad peptidinis ryšys turi savybių, kurios jį padaro pusiaukelėje tarp viengubo ir dvigubo ryšių.
