Žodis molekulė yra lotyniško žodžio „molai“, reiškiančio masę, deminutyvas, taigi molekulė reiškia „maža masė“. Molekulė yra sąjunga arba rinkinys iš dviejų arba daugiau atomų, kurie gali būti vienodi arba skirtingi, jei šie atomai yra atskirtas, būtų pakeisti materijos savybes.
Molekulė yra stabili ir elektriškai neutrali sistema, kuri yra sudaryta iš rinkinio dviejų ar daugiau atomų, sujungtų cheminiais ryšiais, kurios yra vadinamos kovalentinių jungčių. Šie atomai gali būti tokie patys kaip vandenilio (H2) ir deguonies (O2) atveju, kurie yra diatoninės molekulės, arba juos gali sudaryti skirtingi atomai, kaip tai yra vandenyje (H2O), kurį sudaro du vandenilio atomai. ir vienas iš deguonies ir metano dujų (CH4), kurių molekulėje yra keturi vandenilio atomai, susieti su vienu anglies.
Molekulė yra laikoma mažiausia dalis, kuri gali būti gauta iš nesvarbu, kad ji galėtų išlaikyti savo chemines savybes. Pagrindinė molekulių susidarymo priežastis yra ta, kad yra atomų, kurie linkę pasiekti minimalią energijos būklę, ir, norint tai pasiekti, tai daro per kovalentinius ryšius su kitais atomais, turinčiais tą pačią būklę, šio ryšio negalima lengvai ištirpinti, ir tada gimsta molekulė.
Medžiagoje jas sudarančios molekulės nėra statiškos, priešingai, jos yra pastovaus judėjimo, kuris vadinamas molekuline vibracija, o tai savo ruožtu gali būti lenkimas ar įtempimas.
